Jednatel obecně nemá "ze zákona" nárok na cestovní náhrady, proto stanovení jejich výše musí být součástí dohody. Asi by bylo přirozené se dohodnout, že je bude dostávat ve stejné výši jako zaměstnanci. Pokud nemáte směrnice pro zaměstnance, bude nutné jasně specifikovat např.: ve výši ze zákona pro státní zaměstnance. Pokud ale je ve smlouvě "prokázaných nákladů" pak je pravděpodobně myšleno nákladů, které prokáže (např. dokladem o nákupu) a nikoliv amortizace vozidla nebo stravné na pracovní cestě. Oproti tomu zaplacení silniční daně bych považoval za náklad prokázaný (kopií potvrzeného přiznání k silniční dani) a tak jej proplatil a netřeba jej "přefakturovávat". Podat přiznání by mohlo s.r.o. pouze v případě, že by jednatel nějákou odměnu za výkon činnosti dostával. Kombinace, kdy jednatel nedostává odměnu, ale dostává proplacené cestovní náhrady, není z daňového hlediska výhodny. Nejedná se totiž o "cestovní náhrady" ve smyslu zákona o dani z příjmu a tudíž to není platba osvobozená od zdanění při výplatě. Pokud nejsou sjednány, tak se ani nejedná o daňově uznatelný náklad pro společnost. I jednorázová roční odměna tuto nepříjemnost odstraňuje.