V případě, kdy dodáváte v jeden den zboží na základě jedné smlouvy (dohody, objednávky), měli byste správně vystavit jeden daňový doklad.

Dohodu o částečném zaplacení lze bez problému aplikovat i na jednu fakturu - s poznámkou jaká část bude do kdy zaplacena. (Ale souhlasím s tím, že většina softwaru si s tím neporadí a nepohlídá Vám, kdy se mělo platit.)

Pokud vystavujete dvě faktury, a díky rozdělení částky klesnete pod 100 tis. Kč, a tuto fakturu nevystavíte v RPDP, může správce daně posoudit celou situaci jako způsob vyhnutí se režemu přenesení. Dá se předpokládat, že pokud byste z dané faktury do 100 tis. Kč (z jakéhokoli důvodu) neodvedli DPH správci daně, pak rozdělení na dvě faktury takto posoudí vždy. To by znamenalo, že v riziku je odběratel (že mu nebude uznán nárok na odpočet resp. že po něm bude požadováno DPH, jako by se o RPDP jednalo. Pokud DPH odvedete nemůže správce daně tuto hypotézu použít a u nikoho nevzniká žádné nebezpečí.

Pokud tyto dílčí faktury vystavíte v RPDP i když nedosáhnou částky 100 tis. Kč, a odběratel DPH odvede (přizná), můžete se odvolávat na § 92f (2) ZDPH - použití právní fikce, že se o RPDP jedná a opět je vše v pořádku. Pokud by však odběratel z faktury do 100 tis. Kč DPH neodvedl, může DPH správce daně požadovat od Vás.

Shrnutí:

Pokud bude odvedeno DPH v souladu s fakturami, jsou obě varianty možné a bezpečné.

Pokud nebude DPH odvedeno, vystavuje se v obou případech jedna či druhá strana do rizika, že po něm bude DPH požadováno, přesto, že dle fakturace jej měla odvést druhá strana.

Dle mého názoru je tedy nejbezpečnější vystavit jeden doklad s poznámkou o platbě ve dvou splátkách. pb