Tak pro začátek:

1. Pokud dlouhodobě znamená více naž půl roku pak odvádět ze mzdy zaměstnanců daň v Německu (tj. registrovat se tam, tady požádat FÚ o možnost neodvádět daň ze mzdy)
2. Pokud dlouhodobě znamená více než 12 měsíců a jedná se o stavební práce, zaregistrovat se v Německu kd ani z příjmů společnosti a odvádět tam z vystavených faktur daň
3. Pokud je práce kratší, ale jedná se o stavební práce, je vhodně se v Německu registrovat stejně
4. Pokud se jedná o jiný druh činnosti, zjistit si, kdy vzniká povinnost odvádět daň z příjmů společnosti v Německu
5. je možné, že se stanete plátcem DPH v Německu - to také závisí na obahu Vaší fakturace

Doporučuji si sednout s odborníkem, který to dělá a projít konkrétní činnosti a konkrétní Vaše fakturace. Může toho být více. Třeba problém se zdravotním pojištěním, možná se sociálním, možná s minimální mzdou... pb