To závisí na pracovní smlouvě.

1. Pokud má v pracovní smlouvě místo výkonu práce České Budějovice, pak přechodné ubytování se zdaňuje jako nepeněžní příjem (částka přesahující 3500 Kč) a po dobu, co je v CB nemá nárok na stravné. Cesty do Prahy jsou pracovní cesty, ale vzhledem k tomu, že zde má byt, náleží mu stravné pouze za dobu cesty a výkonu práce (nikoliv za prostoje - kdy nepracuje ani necestuje z/do CB).
2. Pokud má v pracovní smlouvě místo výkonu práce Praha, je celou dobu práce v CB na pracovní cestě, ubytování se nedodaňuje a má nárok na stravné. Cesty mezi Prahou a CB jsou pracovní cesty, pobyt v Praze nikoliv.
3. Pokud má v pracovní smlouvě místo výkonu práce zahrnující obě místa (např. celou ČR), pak je nutné stanovit pravidelné pracoviště. To je možné uvést do smlouvy. Dle popisu by se zřejmě jednalo o CB (i když nebude uvedeno ve smlouvě) a postupovalo by se dle bodu 1.
4. Pokud má starší pracovní smlouvy a je v ní uvedeno pravidelné pracoviště zahrnující obě místa (což v současné době již není možné), pak by neměl nárok na cestovní náhrady ani v Praze, ani v CB, ani při cestování mezi těmito místy. pb